J'ai l'impression que cette saison n'est pas particulierement appréciée. Moi, c'est ma préférée avec la saison 1 ( à ce jour: j'ai pas fini de regarder la 6). Quelques raisons
1: les rapports Jack/Nina, le jeu du chat et de la souris auquel ils se livrent, relations un peu SM je dirais Cette scène où elle l'embrasse alors qu'il est attaché et qu'il est obligé de faire semblant pour la convaincre
2: la scène où il abat Chapelle, une incroyable intensité dramatique
3: c'est à partir de cette saison qu'on voit où le mène son "patriotisme": tenter d'abattre son compagnon (Chase) et abattre son patron donc des innocents, séduire une femme qu'il deteste, se droguer, mentir à tout le monde, il le dit lui même, pour faire ce boulot, il faut être "détaché"...mais...
4: la dernière scène où il craque et fond en larmes, ce qui lui rend son humanité

Perso, je n'ai rien contre cette saison.  
Comme tu le dis dans ton 3ème point, c'est avec cette saison qu'on atteint le point de non retour. Après avoir sacrifié sa famille pour sauver son pays dans les 2 précédentes saisons, il sacrifie maintenant son corps (en se piquant à l'héroïne) et son âme (en assassinant notamment Chapelle). Et il devient à ce moment là, le héros torturé à l'intérieur que l'on apprécie tant et formidablement bien joué par Kiefer. Et plus les jours se succèdent et plus il repousse les limites et donc plus sa souffrance intérieure et personnelle s'accroît. En témoignent notamment la dernière de la saison 3 dont tu parles (où personnellement j'ai senti une sérieuse boule à la gorge en la voyant).

Moi aussi ça m'a vraiment émue, d'autant plus que je ne m'y attendais pas. Quand il abat Chapelle, je me suis dit que Jack était vraiment un tueur, car il semblait ne rien ressentir. En fait j'ai vu dans le bonus qu'ils avaient coupé une scène où, après avoir tuer Chapelle, il pleure dans l'hélico. Mais cette scène coupée je ne l'ai vue qu'après et je trouve mieux qu'ils aient mis à la fin le moment où il craque, ça donne plus d'intensité.

C'est le cas de le dire!